Brzesko leży na trasie gruntownie zmodernizowanej magistrali kolejowej Kraków – Medyka. W mieście znajduje się dworzec kolejowy Brzesko – Okocim. Przystanki kolejowe funkcjonują również w sołectwach Jasień i Sterkowiec. Każdego dnia kolej oferuje kilkadziesiąt połączeń z Brzeska poprzez PKP (połączenia ogólnopolskie) oraz Koleje Małopolskie (na trasie Kraków -Tarnów).

Przez Brzesko przebiega autostrada A4 z wjazdem w Brzesku. Dojazd autostradą do Tarnowa zajmuje ok. 20 minut, Krakowa ok. 27 minut, do lotniska międzynarodowego Kraków Balice – ok.42 minuty, do Rzeszowa – 1 godz.

Przez Brzesko przebiega również droga krajowa nr 94 na trasie Kraków – Rzeszów, będąc trasą równoległą do autostrady A4 a także droga krajowa nr 75 do Nowego Sącza.